L’escola de Futbol Base “Sant Sebastià” fou fundada l’any 1987 per Claudi Nolla i Barba, com a secció del C.F. Canonja, club inscrit a la Federació Catalana l'any 1968, amb la voluntat de gestionar d’una manera més directa el futbol base de l'entitat. El mateix Claudi Nolla, l’any 1981 i amb la col.laboració d’altres persones vinculades a l'esport base, havia organitzat la primera edició del Torneig de futbol base Sant Sebastià en el que participaven jugadors dels equips del Club i d’altres que no estaven federats, doncs el Club només disposava d'un equip juvenil, un infantil i un aleví, això feia que nois d'edats inferiors no poguessin jugar a futbol. Les primeres edicions del torneig foren el punt de partida per a la gestació de l’escola de futbol base que amb el pas dels anys s'ha consolidat arribant a ser una de les entitats més actives de la Canonja, amb més de 180 jugadors actualment inscrits entre totes les categories, des de babys a juvenil.